Dan S Tawfik Publikasi Biokimia. Loop grafting dan asal usul spesies enzim Dan S Tawfik Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Ilmu Israel 311: 475-6. 2006 biologi Messy dan asal usul inovasi evolusioner Dan S Tawfik Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel Nat Chem Biol 6: 692-6. 2010 Kejadian terkait dan melewati penghapusan penyisipan frame-pergeseran (InDels) untuk memberi protein fungsional Liat Rockah-Shmuel Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel PLoS Genet 9: e1003882. 2013 Arsenate menggantikan fosfat: kimia hidup alternatif dan perenungan ion Dan S Tawfik Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rhovoit 76100, Biokimia Israel 50: 1128-34. 2011 Sutradara evolusi PON3 paraoxonase serum oleh pengocokan keluarga dan mutagenesis mutasi leluhur, dan karakterisasi biokimianya Olga Khersonsky Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Biokimia Israel 48: 6644-54. 2009 Catalytic versatility and backup di situs aktif enzim: kasus serum paraoxonase 1 Moshe Ben-David Departemen Biologi Struktural, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 418: 181-96. 2012 ApoE menginduksi aktivitas PON1 paraoksonase serum dan stabilitas yang serupa dengan ApoA-I Leonid Gaidukov Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Biokimia Israel 49: 532-8. Zat histidin 115-histidin 134 memilik aktivitas laktonase dari paraoxonase serum mamalia Olga Khersonsky Departemen Kimia Biologi, Institut Ilmu Pengetahuan Weizmann, Gedung Ullman, Rehovot 76100, Israel J. Biol Chem 281: 7649-56. 2006 Penataan ulang ion logam katalitik menggarisbawahi pergaulan bebas dan evolvabilitas sebuah metalloenzim Moshe Ben-David Departemen Biologi Struktural, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 425: 1028-38. 2013 Evolved stereoselective hydrolases untuk detoksifikasi agen jenis G-spektrum luas Moshe Goldsmith Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Chem Biol 19: 456-66. 2012 Informasi Detail Publikasi 89 Biokimia. Loop grafting dan asal usul spesies enzim Dan S Tawfik Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Ilmu Israel 311: 475-6. 2006 biologi Messy dan asal usul inovasi evolusioner Dan S Tawfik Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel Nat Chem Biol 6: 692-6. 2010 Untuk lebih baik atau lebih buruk, kekacauan melekat pada biologi. Ini juga menyediakan bahan baku untuk adaptasi fisiologis dan evolusioner terhadap tantangan baru. Kejadian yang saling terkait dan bypass penghapusan penyisipan frame-pergeseran (InDels) untuk memberi protein fungsional Liat Rockah-Shmuel Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel PLoS Genet 9: e1003882. 2013 Meskipun diperoleh secara in vitro, hasil kami menunjukkan adanya hubungan langsung antara kejadian genetik InDels dan penyelamatan fenotipik mereka, yang mengindikasikan adanya peran potensial untuk InDels yang mengubah kerangka kerja sebagai perantara peralihan jembatan. Arsenate menggantikan fosfat: kimia hidup alternatif dan pergaulan bebas Dan S Tawfik Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rhovoit 76100, Biokimia Israel 50: 1128-34. 2011 Akhirnya, kami menyoroti aplikasi potensial arsenat sebagai probe enzim struktural dan mekanistik yang reaksi katalisnya melibatkan pembuatan atau pemusnahan ikatan fosfester. Evolusi yang disutradarai serum paraoxonase PON3 oleh pengocokan keluarga dan mutagenesis mutasi leluhur, dan karakterisasi biokimianya Olga Khersonsky Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Biokimia Israel 48: 6644-54. 2009 PON3 juga menunjukkan fungsi anti-aterogenik yang berpotensi, meski pada tingkat yang lebih rendah dari pada PON1. Keaslian dan backup katalis di tempat-tempat aktif enzim: kasus serum paraoxonase 1 Moshe Ben-David Departemen Biologi Struktural, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 418: 181-96. 2012 mengikat kalsium katalitik dan mengaktifkan air hidrolitik). Secara keseluruhan, koeksistensi beberapa konformasi dan mode katalitik alternatif di dalam situs aktif yang sama menggarisbawahi pergaulan bebas dan potensi evolusioner PON1. ApoE menginduksi aktivitas PON1 paraoksonase serum dan stabilitas yang serupa dengan ApoA-I Leonid Gaidukov Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Biokimia Israel 49: 532-8. Zat histidin 115-histidin 134 memilik aktivitas laktonase dari paraoxonase serum mamalia Olga Khersonsky Departemen Kimia Biologi, Institut Ilmu Pengetahuan Weizmann, Gedung Ullman, Rehovot 76100, Israel J. Biol Chem 281: 7649-56. 2006 Sepengetahuan kami, ini adalah salah satu dari sedikit contoh dyad histidin di situs aktif enzim dan contoh pertama enzim hidrolitik dengan dyad semacam itu. Penataan ulang ion logam katalitik menggarisbawahi pergaulan bebas dan evolvabilitas sebuah metalloenzim Moshe Ben-David Departemen Biologi Struktural, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 425: 1028-38. 2013 Dengan demikian, plastisitas ion logam aktif dapat memungkinkan aktivitas alternatif, laten, promiscuous dan juga memberikan dasar bagi perbedaan fungsi enzimatik baru. Hidrolase stereoselektif yang berevolusi untuk detoksifikasi agen saraf golongan-spektrum luas Moshe Goldsmith Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Chem Biol 19: 456-66. 2012 Dengan kemampuan mereka untuk menghidrolisis agen G, varian berevolusi ini dapat berfungsi sebagai profilaksis tipe-G yang luas. Optimalisasi kemp eliminase yang dirancang dari dalam silico KE70 dengan desain komputasi dan evolusi terarah Olga Khersonsky Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 407: 391-412. 2011 Metamorphic protein memediasi transisi evolusi struktur Itamar Yadid Departemen Kimia Biologis, dan Israel Structural Proteomics Center, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Proc Natl Acad Sci U S 107: 7287-92. 2010 Data kami juga menunjukkan bahwa kemampuan satu urutan untuk menyeimbangkan antara struktur yang berbeda dapat dioptimalkan evolusioner, sehingga memudahkan munculnya struktur baru. Menjembatani kesenjangan dalam metodologi desain dengan pengoptimalan evolusioner dari stabilitas dan kemampuan merancang Kemp eliminase KE59 Olga Khersonsky Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Proc Natl Acad Sci U S A 109: 10358-63. 2012 Secara keseluruhan, evolusi yang diarahkan dari tiga berbeda yang dirancang Kemp eliminases, KE07, KE70, dan KE59, menunjukkan bahwa desain komputasi sangat evolvable dan dapat dioptimalkan untuk efisiensi katalitik yang tinggi. Drift netral yang intens menghasilkan protein konsensus yang kuat dan dapat dievaluasikan Shimon Bershtein Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot, 76100, Israel J Mol Biol 379: 1029-44. 2008 Hasil juga menunjukkan bahwa perubahan konsensus yang dapat diprediksi yang dapat diprediksi dapat digunakan di laboratorium untuk menghasilkan perpustakaan gen yang sangat beragam dan dapat dievolusikan. Pemutaran throughput tinggi dari perpustakaan enzim: tiolaktonase berevolusi dengan penyortiran sel-sel tunggal yang terinduksi fluoresensi pada kompartemen emulsi Amir Aharoni Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Chem Biol 12: 1281-9. 2005 The 192RQ polymorphs serum paraoxonase PON1 berbeda dalam ikatan HDL, stimulasi lipolaktonase, dan kolesterol efflux Leonid Gaidukov Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel J Lipid Res 47: 2492-502. 2006 In vitro detoksifikasi siklarin dalam darah manusia pra-inkubasi ex vivo dengan protease paraoxonase rekombinan Yacov Ashani Departemen Biologi Struktural, Institut Weizmann of Science, Rehovot 76100, Israel Toxicol Lett 206: 24-8. 2011 Hasil ini juga memungkinkan penyempurnaan model matematis untuk memperkirakan dosis rePON1 yang manjur yang dibutuhkan untuk profilaksis pada manusia. Optimalisasi evolusioner enzim yang dirancang secara komputasi: Kemp menghilangkan rangkaian KE07 Olga Khersonsky Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 396: 1025-42. 2010 Studi reaktivitas struktur serum paraoxonase PON1 menunjukkan bahwa aktivitas asalnya adalah lactonase Olga Khersonsky Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Biokimia Israel 44: 6371-82. 2005 Ini, dan tingkat yang relatif tinggi diukur dengan beberapa substrat laktat (k (kucing) K (M) kira-kira 10 (6) M (-) (1) s (-) (1)) menyiratkan bahwa PON1 sebenarnya adalah laktonase . Bagaimana stabilitas protein dan fungsi baru menukarkan Nobuhiko Tokuriki Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel PLoS Comput Biol 4: e1000002. 2008 Dengan demikian, evolusi aktivitas enzimatik baru, baik di alam maupun di laboratorium, bergantung pada efek kompensasi dan stabilisasi mutasi diam-diam di daerah protein yang tidak relevan dengan fungsinya. Uji Chromogenic dan fluorogenic untuk aktivitas laktonase serum paraoxonase Olga Khersonsky Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Chembiochem 7: 49-53. 2006 Asal-usul enzim detoksifikasi evolusioner: paraoksonase serum mamalia (PONs) berhubungan dengan bakteri lactonase bakteri Hagit Bar-Rogovsky Dari Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J. Biol Chem 288: 23914-27. 2013 Administrasi in vivo BL-3050: kompleks PON1-HDL yang sangat stabil direkayasa Leonid Gaidukov Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel BMC Clin Pharmacol 9:18. 2009 Pekerjaan ini membahas kelayakan pemberian in vivo rePON1, dan kompleks HDL-nya, sebagai agen terapeutik yang berpotensi dijuluki BL-3050. Mengikuti jalur evolusioner untuk interaksi protein-protein dengan afinitas dan selektivitas yang tinggi Kalia Bernath Levin Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel Nat Struct Mol Biol 16: 1049-55. 2009 Arah evolusi protein untuk ekspresi heterolog dan stabilitas Cintia Roodveldt Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Curr Opin Struct Biol 15: 50-6. 2005 Aktivitas promiscuous bersama dan fitur evolusioner di berbagai anggota superfamili amidohidrolase Cintia Roodveldt Departemen Biologi Kimia, Institut Ilmu Weizmann, 76100 Rehovot, Biokimia Israel 44: 12728-36. 2005 Fungsional - propeller lectin oleh duplikasi tandem unit berulang Itamar Yadid Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Protein Eng Des Sel 24: 185-95. 2011 Hasil ini menunjukkan kemampuan untuk membangun protein berulang berulang yang melipat dan fungsional, dan mendukung peran duplikasi dan peleburan modul dasar pada rute evolusioner yang menyebabkan lipatan - propel lipat. Dasar molekuler dari diskriminasi fosfat di lingkungan yang kaya arsenat Mikael Elias Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Nature 491: 134-7. 2012 Fitur ini memungkinkan sistem transportasi fosfat untuk mengikat fosfat secara selektif selama arsenat (setidaknya 10 (3) kelebihan) bahkan di lingkungan yang kaya akan arsenat. Evolusi yang disahkan dari sulfotransferase dan paraoxonase oleh perpustakaan leluhur Uria Alcolombri Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 411: 837-53. 2011 Aktivitas afinitas, stabilitas, dan aktivitas laktonase serum PON1 paraoxonase yang berlabuh pada HDL dengan ApoA-I Leonid Gaidukov Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Biokimia Israel 44: 11843-54. 2005 Secara keseluruhan, hasilnya menunjukkan stabilitas tinggi, selektivitas, dan kemampuan katalitik PON1 saat berlabuh ke HDL apoA-I, menuju substrat laktat, dan khususnya lactone lipofilik. Disutradarai evolusi hidrolase untuk pencegahan keracunan agen saraf tipe G Rinkoo D Gupta Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel Nat Chem Biol 7: 120-5. 2011 Kami kemudian menunjukkan aktivitas profilaksis in vivo varian berevolusi. Varian berevolusi dan layar yang baru dikembangkan ini memberikan dasar untuk rekayasa PON1 untuk profilaksis terhadap agen tipe G lainnya. Universalitas ketergantungan tingkat suhu enzimatik Mikael Elias Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel alamat elektronik Trends Biochem Sci 39: 1-7. 2014 Di antara faktor-faktor lain, penurunan percepatan tingkat ini dapat dianggap berasal dari getaran yang diinduksi secara termal yang mengorbankan konfigurasi katalitik aktif, yang menunjukkan bahwa banyak enzim pada kenyataannya kurang kaku. Apa yang membuat lipatan protein dapat disesuaikan dengan inovasi fungsional Polaritas dan stabilitas lipatan Eynat Dellus-Gur Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 425: 2609-21. 2013 Pekerjaan kami menunjukkan ukuran struktural polaritas lipat yang tampaknya berkorelasi dengan inovasi, sehingga memberikan wawasan baru mengenai evolusi, desain, dan teknik protein. Rekayasa enzim oleh perpustakaan yang ditargetkan Moshe Goldsmith Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel Metode Enzymol 523: 257-83. Akhirnya, efisiensi desain dan beban mutasi optimal perpustakaan dinilai dengan membandingkan perpustakaan mutasi yang ditargetkan versus perpustakaan mutasi acak. Dinamika protein dan evolvabilitas Nobuhiko Tokuriki Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Ilmu Israel 324: 203-7. Pandangan dinamis struktur protein, fungsi, dan evolvabilitas ini diekstrapolasikan untuk menggambarkan skenario hipotetis untuk evolusi protein awal dan arah penelitian masa depan di bidang dinamisme protein dan evolusi. Pergaulan bebas enzim: perspektif mekanistik dan evolusioner Olga Khersonsky Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Annu Rev Biochem 79: 471-505. 2010 Akhirnya, kami membahas hipotesis bahwa aktivitas enzimatis promiscuous berfungsi sebagai titik awal evolusioner dan menonjolkan fitur evolusioner unik dari fungsi enzim promiscuous. Para insinyur protein mengubah para evolusionis Sergio G Peisajovich Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot, 76100, Israel Nat Methods 4: 991-4. 2007 Pergaulan bebas enzim: aspek evolusioner dan mekanistik Olga Khersonsky Departemen Kimia Biologi, Institut Ilmu Weizmann, Rehovot, Israel Curr Opin Chem Biol 10: 498-508. 2006 Rekonstruksi link yang hilang dalam evolusi fosfotriesterase yang baru saja divergen dengan remodeling loop aktif-situs Livnat Afriat-Jurnou Departemen Biologi Kimia, Institut Ilmu Weizmann, Rehovot 76100, Biokimia Israel 51: 6047-55. 2012 Evolusi enzim yang diarahkan: di luar buah gantung rendah Moshe Goldsmith Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel Curr Opin Struct Biol 22: 406-12. 2012 Perpustakaan semacam itu dapat dikombinasikan dengan layar throughput rendah yang memberikan akurasi tinggi dan langsung menargetkan kondisi substrat dan reaksi yang diinginkan, dan dengan demikian memberikan varian yang sangat baik. Evolusi protein yang diinduksi dari nuklease DNA oleh kompartementalisasi in vitro (IVC) dan pengiriman nano-tetesan Kalia Bernath Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 345: 1015-26. 2005 Proses evolusi in vitro mengkonfirmasikan hipotesis sebelumnya mengenai mekanisme pengikatanquote recognitionquot quotdual dan cara pasangan kolikin-imunitas baru menyimpang dari yang sudah ada. Efek stabilitas mutasi dan protein evolvabilitas Nobuhiko Tokuriki Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Curr Opin Struct Biol 19: 596-604. 2009 Kami menggambarkan cara untuk memprediksi dan menganalisis efek stabilitas mutasi, dan mekanisme yang menyangga atau mengkompensasi efek destabilisasi ini dan dengan demikian mendorong evolvabilitas protein, di alam dan di laboratorium. Ekspresi berlebihan Chaperonin meningkatkan variasi genetik dan evolusi enzim Nobuhiko Tokuriki Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Nature 459: 668-73. 2009 Hasil ini menunjukkan bahwa stabilitas protein merupakan kendala utama dalam evolusi protein, dan mekanisme penyangga seperti pendamping adalah kunci untuk mengurangi kendala ini. Layar throughput tinggi dan pilihan gen pengkode enzim Amir Aharoni Departemen Biologi Kimia, Institut Ilmu Weizmann, Rehovot 76100, Israel Curr Opin Chem Biol 9: 210-6. 2005 Kami fokus pada pendekatan HTS yang memungkinkan pemilihan dari pustaka besar (10 (6) varian gen) dengan cara yang relatif rendah (yaitu sistem non-robot), dan khususnya pada kompartementalisasi in vitro. Pergaulan bebas yang laten dari lactonase mikroba yang baru diidentifikasi terkait dengan Badan Biologi Bioteknologi Livnat Afriat yang baru saja divergen, Institut Ilmu Weizmann, Rehovot 76100, Biokimia Israel 45: 13677-86. 2006 PTE dapat berevolusi dari anggota keluarga PLL sambil memanfaatkan aktivitas paraoksonase promiscuous laten sebagai titik awal yang penting. Potensi peran mutasi fenotipik dalam evolusi ekspresi protein dan stabilitas Moshe Goldsmith Departemen Kimia Biologi, Institut Weizmann of Science, Rehovot 76100, Israel Proc Natl Acad Sci U S A 106: 6197-202. 2009 Mereka mungkin memainkan peran dalam membentuk sifat protein seperti tingkat ekspresi, stabilitas, dan toleransi terhadap mutasi genetik. Memasukkan Oligonucleotida Sintetis melalui Gen Reassembly (ISOR): alat serbaguna untuk menghasilkan perpustakaan yang ditargetkan Asael Herman Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Protein Eng Des Sel 20: 219-26. 2007 Skrining perpustakaan ini menghasilkan kisaran mutan dengan kekhasan substrat yang berubah dan mengindikasikan bahwa daerah tertentu dari enzim ini memiliki toleransi yang sangat tinggi terhadap indels. Evolvabilitas fungsi protein promiscuous Amir Aharoni Departemen Biologi Kimia, Institut Ilmu Weizmann, Rehovot 76100, Israel Nat Genet 37: 73-6. 2005 Dengan demikian, protein yang berkembang pada awalnya dapat memperoleh peningkatan kebugaran untuk fungsi baru tanpa kehilangan fungsinya semula. Penggandaan gen dan perbedaan protein yang sama sekali baru bisa diikuti. Kemajuan dalam evolusi laboratorium enzim Shimon Bershtein Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Curr Opin Chem Biol 12: 151-8. 2008 Ohnos model ditinjau kembali: mengukur frekuensi mutasi yang berpotensi adaptif di bawah berbagai mutasi mutakhir Shimon Bershtein Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel Mol Biol Evol 25: 2311-8. 2008 Secara keseluruhan, skenario subfunctionalization tampak lebih layak, dimana mempertahankan fungsi asli oleh dua salinan memfasilitasi akumulasi mutasi yang berpotensi adaptif sementara membersihkan mutasi nonfunctionalization. Penyisipan dan penghapusan protein diaktifkan oleh roaming netral di ruang seketika Agnes Toth-Petroczy Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel Mol Biol Evol 30: 761-71. 2013 Dinamika akumulasi InDels juga bergantung pada frekuensi genomiknya-InDels pada lalat berukuran 4 kali lipat lebih sering daripada di ragi dan cenderung diberi kompensasi daripada diaktifkan. Hubungan rata-rata pada promoter yang bermutasi Gil Hornung Departemen Genetika Molekuler, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Genome Res 22: 2409-17. 2012 Hasil kami menunjukkan bahwa ukuran ledakan adalah properti khusus promotor yang relatif kuat terhadap mutasi urutan namun sangat bergantung pada interaksi antara kotak TATA dan inti promotor. Perkembangan tes sera manusia untuk serum PON1 terikat HDL dan aktivitas lipolaktonasenya Leonid Gaidukov Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Lipid Res 48: 1637-46. 2007 80). Tes baru ini menunjukkan tingkat dan aktivitas PON1 dalam konteks yang relevan secara fisiologis serta tingkat dan kualitas partikel HDL yang dengannya enzim tersebut terkait. Efek mutasi dan evolusi fungsi protein baru Misha Soskine Department of Biological Chemistry, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Nat Rev Genet 11: 572-82. 2010 Kami mengusulkan beberapa faktor yang dapat mempengaruhi perbedaan fungsi protein baru, termasuk mutasi mutasi dan variasi tersembunyi, atau yang tampaknya netral. TRINS: sebuah metode untuk modifikasi gen dengan penyisipan berulang tandem acak Yakov Kipnis Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Protein Eng Des Sel 25: 437-44. 2012 Kami menunjukkan metode ini dengan membangun tiga perpustakaan gen yang berbeda, dan dengan memilih varian penyisipan TEM-1 - lactamase. Transisi evolusioner ke methyltransferases DNA baru melalui perluasan lokasi target dan penyusutan Liat Rockah-Shmuel Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Hertzel St, Rehovot 76100, Israel Asam Nukleat Res 40: 11627-37. 2012 Hasil kami menunjukkan kemudahan dimana DNA-binding dan modifikasi spesifitas baru berkembang dan mekanisme dimana keduanya terjadi pada tingkat protein dan DNA. Efek stabilitas mutasi protein nampaknya didistribusikan secara universal Nobuhiko Tokuriki Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 369: 1318-32. 2007 Ini terdiri dari alat baru untuk menganalisis protein dan model protein, untuk mensimulasikan efek mutasi dalam proses evolusioner, dan deskripsi kuantitatif ketahanan mutasi. Kemiringan-epistasis link membentuk lanskap kebugaran dari protein drifting acak Shimon Bershtein Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Nature 444: 929-32. 2006 Ketangguhan ambang secara inheren bersifat epistatik - setelah batas stabilitas habis, efek mutasi yang merusak menjadi sangat jelas, sehingga membuat protein jauh lebih tidak kuat daripada yang diperkirakan pada umumnya. Rekonstruksi lektar beta-propeller fungsional melalui perakitan homo-oligomerik dari fragmen yang lebih pendek Itamar Yadid Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 365: 10-7. 2007 Rekayasa V-jenis agen saraf enzim detoksifikasi menggunakan perpustakaan terfokus komputasi Izhack Cherny Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institut Sains, Rehovot 76100, Israel ACS Chem Biol 8: 2394-403. 2013 Katalis baru ini memberikan dasar untuk detoksifikasi agen saraf spektrum luas. Mekanisme divergensi urutan protein dan ketidakcocokan Alon Wellner Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel PLoS Genet 9: e1003665. 2013 Meskipun demikian, seperti yang disarankan oleh laboratorium memungkinkan pertukaran K219S, diberikan cukup waktu dan variabilitas pada tingkat seleksi, bahkan residu esensial dan kekompakan secara fungsional dapat berubah. Pengembalian yang menurun dan pengekangan membatasi pengoptimalan laboratorium dari enzim Nobuhiko Tokuriki Michael Smith Laboratories, Universitas British Columbia, Vancouver, British Columbia, Kanada V6T 1Z4 Nat Commun 3: 1257. 2012 Temuan ini juga menunjukkan bahwa efisiensi katalitik dan spesifisitas banyak enzim alami mungkin jauh dari optimal. Divergensi dan konvergensi dalam evolusi enzim: evolusi paralel paraoxonase dari laktonase quorum-quenching Mikael Elias Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J. Biol Chem 287: 11-20. 2012 Reaksi enzim yang diarahkan melalui perpustakaan drift netral kecil dan efektif Rinkoo D Gupta Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Nat Methods 5: 939-42. 2008 Evolusi topologi protein baru melalui penataan ulang gen multistep Sergio G Peisajovich Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot, 76100 Israel Nat Genet 38: 168-74. 2006 Temuan kami menunjukkan bahwa topologi protein baru dapat berkembang secara bertahap melalui penyusunan ulang gen multistep dan memberikan wawasan baru mengenai proses ini. Evolusi yang disengaja dari aktivitas esterase promiscuous karbonat anhidrida II Stephen McQ Gould Departemen Kimia Biologi, Institut Ilmu Pengetahuan Weizmann, Rehovot 76100, Biokimia Israel 44: 5444-52. 2005 Hasil kami mendukung gagasan bahwa evolusi fungsi baru dapat didorong oleh mutasi yang meningkatkan fungsi sembarangan (yang berfungsi sebagai titik awal proses evolusioner) namun tidak membahayakan fungsi asli. Peran kimia versus substrat yang mengikat dalam merekrut fungsi enzim promiscuous Olga Khersonsky Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Biokimia Israel 50: 2683-90. 2011 Chemophore anchoring juga dapat menemukan aplikasi praktis dalam mengidentifikasi katalis untuk reaksi tidak alami. Apakah protein virus memiliki fitur biofisik yang unik Nobuhiko Tokuriki Departemen Biologi Kimia, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Tren Israel Biochem Sci 34: 53-9. 2009 Evolusi yang disengaja dari mamalia paraoxonase PON1 dan PON3 untuk ekspresi bakteri dan spesialisasi katalitis Amir Aharoni Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel Proc Natl Acad Sci U S A 101: 482-7. 2004 Analisis varian yang baru berkembang memberikan wawasan tentang hubungan evolusioner antara anggota keluarga yang berbeda. Menghindari dan mengendalikan artefak transformasi ganda Moshe Goldsmith Departemen Kimia Biologi, Institut Ilmu Weizmann, Rehovot, Israel Protein Eng Des Sel 20: 315-8. 2007 Protokol ini perlu diterapkan untuk varian baru yang diisolasi dari repertoar gen heterogen, dan khususnya varian yang diisolasi dengan seleksi untuk aktivitas enzimatik, atau pengikatan. Enzim yang cukup efisien: tren evolusioner dan fisikokimia yang membentuk parameter enzim Arren Bar-Even Departemen Ilmu Tanaman, Institut Ilmu Pengetahuan Weizmann, Rehovot, Biokimia Israel 50: 4402-10. 2011 Tampaknya juga bahwa efisiensi katalitik beberapa enzim terhadap substrat alami mereka dapat meningkat dalam banyak kasus melalui evolusi alami atau laboratorium. Kompartementalisasi in vitro oleh emulsi ganda: pemurnian dan pengayaan gen oleh pemilahan sel aktif fluoresensi Kalia Bernath Departemen Kimia Biologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Analog Analogi Israel 325: 151-7. 2004 Kemampuan instrumen FACS untuk menyusun hingga 40000 kejadian per detik dapat memberi teknologi ini potensi yang luas di bidang penyaringan throughput tinggi dan evolusi enzim yang diarahkan. Antibodi Esterolitik sebagai model mekanistik dan struktural dari hidrolase - sebuah analisis kuantitatif Ariel B Lindner Departemen Imunologi, Weizmann Institute of Science, Rehovot 76100, Israel J Mol Biol 320: 559-72. 2002 Temuan kami dibahas dibandingkan dengan esterase serin dan, khususnya, dengan kokain esterase (cocE), yang memiliki lubang oxyanion berbasis tirosin. Tingkat evolusi protein lambat didikte oleh asosiasi inti permukaan Agnes Toth-Petroczy Departemen Kimia Biologi, Institut Ilmu Weizmann, Rehovot 76100, Israel Proc Natl Acad Sci U S A 108: 11151-6. 2011 Jika permukaan tidak dapat diakses untuk substitusi, jadi menjadi inti, sehingga menghasilkan tingkat keseluruhan yang sangat lambat. Potensi evolusioner laten di bawah pergeseran mutasi netral enzim Gil Amitai Departemen Kimia Biologi, Institut Ilmu Weizmann, Rehovot 76100, Israel HFSP J 1: 67-78. 2007 Kemp eliminasi katalis oleh enzim komputasional desain Daniela Rthlisberger Departemen Biokimia, Universitas Washington, Seattle, Washington 98195, Amerika Serikat Alam 453: 190-5. 2008 Hasil ini menunjukkan kekuatan menggabungkan desain protein komputasi dengan evolusi terarah untuk menciptakan enzim baru, dan kami mengantisipasi pembuatan berbagai katalis baru yang berguna di masa depan. Struktur dan kinetika zat pengikat antibodi sementara menunjukkan mekanisme diskriminasi kinetik pada pengenalan antigen Leo C James Laboratorium Biologi Molekuler, Cambridge Medical Research Council, Cambridge CB2 2HQ, Inggris Proc Natl Acad Sci U S A 102: 12730-5. 2005 Model ini mungkin berlaku untuk protein yang mengikat banyak ligan dengan cara tertentu atau protein lain yang, walaupun mampu mengikat banyak ligan, hanya dapat diaktifkan oleh beberapa. Metilasi metilasi situs DNA non-kanonik oleh HaeIII methyltransferase Pusat Biokimia Helen M Cohen untuk Laboratorium Protein dan Laboratorium MRC untuk Biologi Molekuler, MRC Center, Hills Road, Cambridge CB2 2QH, Inggris dan Departemen Biologi Kimia, The Weizmann Institute of Science, Rehovot 76 100, Israel Nucleic Acids Res 30: 3880-5. 2002 Metilasi in-vivo dari situs non-kanonik mungkin penting dan mungkin telah memberikan titik awal untuk evolusi sistem modifikasi-pembatasan dengan kekhususan urutan baru. Investigasi pengenalan target DNA cytosine-5 methyltransferase HhaI dengan pemilihan perpustakaan menggunakan kompartemenisasi in vitro Yin Fai Lee Laboratorium MRC Biologi Molekuler dan Pusat Teknik Protein, Pusat MRC, Bukit Jalan, Cambridge CB2 2QH, Asam Nukleat Inggris Res 30: 4937 -44. 2002 Hasil kami menunjukkan bahwa pengenalan pasangan basa 3 dan 4 dari situs target bergantung sepenuhnya pada interaksi rantai utama atau residu yang berbeda dari yang diidentifikasi dalam struktur kristal berkontribusi terhadap pengenalan DNA. Evolusi yang diarahkan pada phosphotriesterase sangat cepat dengan kompartementalisasi in vitro Laboratorium Biologi Molekuler Andrew D Griffiths, Cambridge CB2 2QH, UK EMBO J 22: 24-35. 2003 Proses in vitro sepenuhnya ini memilih semua fitur enzimatik secara bersamaan (pengenalan substrat, formasi produk, percepatan percepatan dan perputaran) dan molekul enzim tunggal dapat dideteksi. Conformational diversity and protein evolution--a 60-year-old hypothesis revisited Leo C James Centre for Protein Engineering, Hills Road, Cambridge, UK CB2 2HQ Trends Biochem Sci 28:361-8. 2003 Miniaturising the laboratory in emulsion droplets Andrew D Griffiths Institut de Science et d Ingnierie Supramolculaires ISIS, 8 allee Gaspard Monge, BP 70028, F 67083 Strasbourg cedex, France Trends Biotechnol 24:395-402. 2006 This review describes the scope and potential of IVC in areas such as in vitro evolution of proteins and RNAs, cell-free cloning and sequencing, genetics, genomics, and proteomics. Directed evolution by in vitro compartmentalization Oliver J Miller MRC Laboratory of Molecular Biology, Hills Road, Cambridge, CB2 2QH, UK Nat Methods 3:561-70. 2006 Enhanced stereoselective hydrolysis of toxic organophosphates by directly evolved variants of mammalian serum paraoxonase Gabriel Amitai Division of Medicinal Chemistry, Israel Institute for Biological Research, Ness Ziona, Israel FEBS J 273:1906-19. 2006 Altering the sequence specificity of HaeIII methyltransferase by directed evolution using in vitro compartmentalization Helen M Cohen MRC Centre for Protein Engineering and MRC Laboratory for Molecular Biology, Cambridge CB2 2QH, UK Protein Eng Des Sel 17:3-11. 2004 This study provides a rare example of a laboratory-evolved enzyme whose catalytic efficiency surpasses that of the wild-type enzyme with the principal substrate. The catalytic histidine dyad of high density lipoprotein-associated serum paraoxonase-1 (PON1) is essential for PON1-mediated inhibition of low density lipoprotein oxidation and stimulation of macrophage cholesterol efflux Mira Rosenblat Lipid Research Laboratory, Technion Faculty of Medicine, Haifa 31096, Israel J Biol Chem 281:7657-65. 2006 Structure and evolution of the serum paraoxonase family of detoxifying and anti-atherosclerotic enzymes Michal Harel Department of Structural Biology, The Weizmann Institute of Science, Rehovot 76 100, Israel Nat Struct Mol Biol 11:412-9. 2004 Determinants of cofactor binding to DNA methyltransferases: insights from a systematic series of structural variants of S-adenosylhomocysteine Helen M Cohen MRC Laboratory of Molecular Biology, MRC Centre, Hills Road, Cambridge, UK CB2 2QH Org Biomol Chem 3:152-61. 2005 An understanding of the binding of AdoHyc to methyltransferases will greatly assist the design of AdoMet inhibitors. Protein promiscuity: drug resistance and native functions--HIV-1 case Ariel Fernandez Center for Computational Biology and Bioinformatics, Indiana University School of Medicine, Indianapolis, IN 46202, USA J Biomol Struct Dyn 22:615-24. 2005Olga Khersonsky 2006-2007 Institution of PhD: Weizmann Institute of Science Academic Discipline of PhD: Chemistry PhD Advisors: Prof. Dan Tawfik Dissertation Topic: Mechanistic Enzymology: From Classical Tools to Directed Evolution Year Awarded PhD: 2009 Institution of Postdoc: University of Washington Present Institution: Weizmann Institute of Science Present Academic Position: Senior Intern Email: olga. khersonskyweizmann. ac. il CV Publications Homepage Olga Khersonsky is a biological chemist primarily interested in enzymology, directed evolution, computational design and synthetic biology. She is currently a senior intern at the Weizmann Institute of Science, Rehovot, working in Dr. Sarel Fleishmans lab. Olga was awarded her PhD in 2009 by the Weizmann Institute of Science. Her thesis, 8220Mechanistic Enzymology From Classical Tools to Directed Evolution8221 was written under the supervision of Prof. Dan Tawfik. In recognition of her outstanding work during this time, she was awarded the Chorafas Prize for Excellent PhD Research as well as the Teva Prize for Outstanding PhD Students. After completing her PhD, Olga received the EMBO Long-Term Fellowship for her postdoctoral studies, She then spent three years in the University of Washington working in Prof. David Bakers lab. Her research focused on computational denovo design of hydrolytic enzymes, their characterization and directed evolution. Born in Kiev, Olga moved to Israel at the age of 11 and was later recruited to the IDFs Atuda (Academic Reserve) program. She completed two BScs in both chemistry and environmental science in the Hebrew University of Jerusalem before serving as an academic officer. Olga started her MSc studies in the Weizmann Institute during her four-year military service. Upon discharge, she continued her studies and started work on her thesis, Mechanistic Enzymology and Physiological Substrates of Serum Paraoxonase 1. Her thesis was written under the supervision of Prof. Dan Tawfik. Olgas work has been published widely in top journals such as Journal of Molecular Biology, Biochemistry, ChemBioChem, and the Journal of Biological Chemistry . Much of Olgas research in enzymology and directed evolution is designed to generate enzymes with tailor-made properties she believes such research may lead to the development of enzymes that will eventually be used for medicinal purposes.
No comments:
Post a Comment